隨著中國高等教育體制的改革，2000年4月原復(fù)旦大學(xué)與原上海醫(yī)科大學(xué)合并，成立新的復(fù)旦大學(xué)，于2001年7月27日成立復(fù)旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院，現(xiàn)更名為復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院。學(xué)院依托綜合性、研究型大學(xué)的學(xué)科優(yōu)勢，遵循臨床與基礎(chǔ)結(jié)合的方針，加強拓展與相關(guān)專業(yè)的交叉融合，以學(xué)科建設(shè)為根、以人才梯隊建設(shè)為本，旨在培養(yǎng)具有科學(xué)基礎(chǔ)寬厚、專業(yè)技能扎實、創(chuàng)新能力強、發(fā)展?jié)摿Υ蟮母呒夅t(yī)學(xué)人才。
為創(chuàng)辦綜合性大學(xué)的一流醫(yī)學(xué)院，促進基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)的結(jié)合，加快醫(yī)學(xué)學(xué)科建設(shè)，由上海醫(yī)學(xué)院的領(lǐng)導(dǎo)和學(xué)校附屬醫(yī)院的院長組成上海醫(yī)學(xué)院院務(wù)委員會，是學(xué)院的咨詢決策機構(gòu)。在教學(xué)管理架構(gòu)上設(shè)有27個系。在行政管理架構(gòu)上設(shè)有黨委辦公室、院長辦公室、學(xué)科建設(shè)辦公室、教學(xué)管理辦公室、科研管理辦公室、研究生教育辦公室和本科生工作組、研究生工作組八個職能部門，負責(zé)管理和協(xié)調(diào)學(xué)院各方面的工作。學(xué)院現(xiàn)有國家重點學(xué)科22個，一級學(xué)科國家重點學(xué)科3個；國家重點實驗室1個；“211工程”（二期）建設(shè)重點學(xué)科8個；教育部、衛(wèi)生部重點實驗室9個；上海市重點學(xué)科5個；上海市臨床醫(yī)學(xué)中心8個。有博士后流動站4個，博士點35個，碩士點39個。
學(xué)院擁有一支國內(nèi)一流的師資隊伍，其中既有一批在國內(nèi)外享有盛譽，學(xué)術(shù)造詣深，醫(yī)術(shù)精湛的老一輩專家教授，又有一批近年來迅速成長起來的中青年學(xué)術(shù)骨干和學(xué)科帶頭人。他們中有中國科學(xué)院院士2名，中國工程院院士4名，教育部長江特聘教授10名，國家杰出青年科學(xué)基金獲得者10名。學(xué)院現(xiàn)有博士生導(dǎo)師249名，碩士生導(dǎo)師451名。為了保持一支穩(wěn)定的、熱愛教育工作的臨床醫(yī)學(xué)師資隊伍，學(xué)院對學(xué)校各附屬醫(yī)院的教師實施臨床授課教授崗位聘任制，聘任授課教師554 名，其中授課教授204人，授課副教授206人，助理教授144人。近年來，上海醫(yī)學(xué)院已與美國哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院、美國哥倫比亞大學(xué)醫(yī)學(xué)院、澳大利亞悉尼大學(xué)醫(yī)學(xué)院、荷蘭格羅寧根大學(xué)醫(yī)學(xué)院、瑞典Umea大學(xué)醫(yī)學(xué)院、加拿大大不列顛哥倫比亞大學(xué)、日本大阪大學(xué)、香港大學(xué)李嘉誠醫(yī)學(xué)院、香港中文大學(xué)醫(yī)學(xué)院等建立了院際關(guān)系，雙向進行科研項目合作，學(xué)者相互訪問交流，選派青年教師進修學(xué)習(xí)，開展在讀醫(yī)學(xué)生的互換實習(xí)等活動。