復旦大學外科學學科于1988年、2002年和2007年被評為國家重點學科，1997年列入“211工程”重點建設學科。本學科先后擁有沈克非、黃家駟、石美鑫、吳肇光、熊汝成、史玉泉、李鴻儒、楊東岳等一批享譽全國的著名專家，近年來，以顧玉東、吳肇漢、張元芳、周良輔、王玉琦、秦新裕、王春生、徐建光等為代表的學科帶頭人承擔起學科建設的重任，組成了一支外科學術界具有重要學術影響的學科隊伍。
經(jīng)過多年的探索和積累，目前本學科形成了以下主要研究方向：（1）腫瘤的早期診斷和現(xiàn)代化治療；（2）微創(chuàng)外科的臨床應用、普及與提高；（3）組織與器官移植的研究；（4）干細胞組織工程技術的應用。
本學科擁有一支實力雄厚的學術隊伍，在學術隊伍中有中華醫(yī)學會副會長，中華醫(yī)學會手外科學會主任委員，神經(jīng)外科、泌尿外科學會、心胸外科學會等副主委，有 45人擔任國際和國內(nèi)重要學術團體負責人及學術期刊的主編、副主編和編委工作，包括《中華手外科雜志》、《中華神經(jīng)外科雜志》、《中華骨科雜志》、《中華泌尿科雜志》、《中華外科雜志》，有7位專家擔任《Microsurgery》、《Clinical Anatomy》等外科國際權威期刊的編委和審稿專家。醫(yī)學全在.線quanxiangyun.cn
十五期間本獲省部級及以上獎勵34項，其中國家級3項。如2005年“全長膈神經(jīng)移位與頸7移位治療臂叢根性撕脫傷” 被評為國家科技進步二等獎。本學科已經(jīng)初步建成目前亞太地區(qū)最大的神經(jīng)外科醫(yī)、教、研中心之一。其中朱劍虹教授在《The New England Journal of Medicine》發(fā)表論文。吳肇漢教授主編獲得全國高等學校醫(yī)藥優(yōu)秀教材一等獎1項。2001年獲得全國百篇優(yōu)秀博士論文一篇。