復旦大學基礎醫(yī)學一級學科建于1927年,在我國醫(yī)學教育和研究發(fā)展史上具有舉足輕重的作用,擁有一批我國基礎醫(yī)學學科的創(chuàng)始人和開拓者，如解剖學家張鋆、齊登科等教授；病原生物和免疫學家湯飛凡、林飛卿等教授；病理解剖學和法醫(yī)學家谷鏡汧、張沅昌、陳康頤等教授；生理學和病理生理學家馮德培、徐豐彥、朱益棟教授等。1981年多個學科點被批準為首批博士學位授權點，1988、2002年有多個學科被評為國家重點學科。2007年又被教育部認定為一級學科國家重點學科，現由人體解剖和組織胚胎學、病理學、病原生物學、免疫學、放射醫(yī)學和法醫(yī)學及自主設立的蛋白組學,醫(yī)學信息學等二級學科組成。
多年來，特別是近五年來，在“985工程”、“211工程”的支持下，本學科在人才培養(yǎng)、教學、科研、服務等方面取得了較好成績:已經形成了一支具有較高學術研究水平、有奉獻團結進取精神的優(yōu)秀學術團隊，其中包括在國內外具有較大影響的聞玉梅院士，長江特聘教授和杰出青年基金獲得者。在教學方面，注重基礎醫(yī)學與臨床醫(yī)學的結合、手段和技術的革新，主編和參編了20多本教材，其中大型參考書《現代醫(yī)學微生物學》《現代免疫學》《組織學》等多次榮獲國家圖書獎,多門課程評為國家級精品課程。在科學研究方面，瞄準學科前沿，結合國情確定研究方向，獲得多項基金資助，如“973”和“863”計劃、國家自然科學基金、國際合作項目、教育部科學技術重點項目、上海市重大重點項目等研究課題，取得系列研究成果。開展了具有創(chuàng)新性的抗原-抗體復合物型乙肝治療性疫苗的應用基礎研究，完成了符合國際標準的臨床II期研究，驗證了該治療型乙肝疫苗的臨床治療效果；表皮葡萄球菌功能基因組學研究在國際權威雜志發(fā)表了有影響的論文，獲教育部高校發(fā)明一等獎。人體解剖與組織胚胎學專業(yè)確定視覺及神經的發(fā)育與疾病研究、解剖及臨床影像的圖像處理與計算機輔助手術、生殖及干細胞的基礎與臨床應用研究等為三大主要方向。免疫學專業(yè)以感染性疾病的免疫機制及對策研究、腫瘤免疫的分子與細胞基礎、免疫細胞的發(fā)育活化及其調節(jié)、移植免疫的基礎和臨床研究等為研究方向，在疫苗分子設計的基礎和應用研究方面已在國際上形成特色和影響，在國內領先。放射醫(yī)學專業(yè)在電離輻射旁效應分子機理研究等方面處于國內領先水平，在輻射防護研究方面具有一定的特色。此外，該學科積極開展面向臨床和社會的技術服務，如病理學專業(yè)承擔了大量的病理診斷工作，在華東和東南地區(qū)享有很高的學術聲譽;放射醫(yī)學專業(yè)是大亞灣和秦山核電站周邊環(huán)境水中氚監(jiān)測的指定單位。法醫(yī)學專業(yè)作為全國和上海市司法鑒定中心，每年受理上海市和全國各類案件近萬余件，為上海和全國的社會安定及上海市法制建設服務。醫(yī)學全.在線網.站.提供
近年來，該學科的硬件和平臺建設取得重大進展,如病理學專業(yè)已初步建成開放式的包括紅外、紫外雙激光顯微切割儀、遠程病理會診系統(tǒng)等設備的平臺。病原生物學專業(yè)已建成符合國際先進水平的高等級生物安全實驗室。該學科擁有的優(yōu)秀人才團隊、豐富的生物醫(yī)學資源和和良好的設備等為學科的發(fā)展奠定了堅實基礎。