二、甲基化酶
細胞的限制-修飾系統(tǒng)中的修飾作用是由甲基化酶（methylase)來完成的。甲基化酶同限制性內(nèi)切酶具有完全相同的識別順序。甲基化酶使識別順序中的某個堿基發(fā)生甲基化，保護DNA不被限制性內(nèi)切酶切開。
真核生物中目前只發(fā)現(xiàn)5-甲基胞嘧啶（M5C)。M5C占整個胞嘧啶中的2～7%（果蠅和某些昆蟲例外)。M5C大多以M5CpG的形式存在，不同物種或同一物種的不同組織中，M5C出現(xiàn)的頻率也不盡相同。目前已經(jīng)純化作為商品出售的甲基化酶見表23-2。
將限制性內(nèi)切酶和甲基化酶同時作用，可使有幾種可能識別順序的限制性內(nèi)切酶只對其中一種識別順序有效。例如限制性內(nèi)切酶AvaⅠ的識別順序是：
5’……CPyCGPuG……3’
3’……GPuGCPyC……5’
Py可以是任何一種嘧啶，pu可以是任何一種嘌呤。因此可以有4種識別順序。如果同時使用甲基化酶TaqⅠ和甲基化酶HpaⅡ，則AvaⅠ的識別順序?qū)⒅皇?’……CCCGAG……3’�，F(xiàn)用圖解說明（圖23-1)。
如果有一個DNA片段，有AvaⅠ的3個識別順序，當(dāng)用AvaⅠ處理后可得4個片段�？墒�，如果先用TaqⅠ甲基化酶和HpaⅡ甲基化酶使DNA順序中的有些堿基甲基化，然后再用AvaⅠ去切，結(jié)果只有1個識別順序可被AvaⅠ作用，只產(chǎn)生2個DNA片段。
圖23-1 幾種限制性內(nèi)切酶和甲基化的堿基
表23-2 甲基化酶及甲基化的堿基
|
甲基化酶名稱 |
甲基化的堿基 |
| AluⅠ | 5’……AGC*T……3’ |
| BamHⅠ | 5’……GGATC*C……3’ |
| ClaⅠ | 5’……ATCGA*T……3’ |
| damⅠ | 5’……GA*TC……3’ |
| EcoRⅠ | 5’……GAA*TTC……3’ |
| HaeⅢ | 5’……GCC*C……3’ |
| HhaⅠ | 5’……GC*GC……3’ |
| HpaⅡ | 5’……CC*GC……3’ |
| HphⅠ | 5’……TC*ACC……3’ |
| MspⅠ | 5’……C*CGG……3’ |
| PstⅠ | 5’……CTGCA*C……3’ |
| TaqⅠ | 5’……TCGA*……3’ |
*表示甲基化
