中國科學院微生物研究所于1958 年12 月3日由中國科學院應用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立。半個多世紀以來, 研究所已發(fā)展成為我國微生物學研究領域中學科齊全、水平最高的國家級研究機構。現有在職職工人數430余人, 其中中國科學院院士6 人；在學研究生370人，在站博士后50人及部分客座人員。
以微生物所第一任所長戴芳瀾院士以及鄧叔群院士、閻遜初院士為代表的老一輩科學家, 是我國真菌學、放線菌分類學的創(chuàng)始人和奠基人,他們的研究成果和經典著作至今仍在微生物學界具有很高的權威性; 以方心芳院士為代表的老一輩工業(yè)微生物學家為我國微生物發(fā)酵產業(yè)作出了奠基性貢獻。多年來, 我所科學家在植物病毒、醫(yī)學與動物病毒以及免疫學研究方面在國際國內做出了自己的特色, 頗有造詣。
微生物所根據發(fā)展戰(zhàn)略和長遠目標, 確定了以微生物資源、微生物生物技術、病原微生物與免疫為主要研究領域，旨在建立從微生物資源開發(fā)、功能改造、技術創(chuàng)新到成果轉化的自主研發(fā)體系，創(chuàng)建世界一流的微生物學研究中心和微生物生物技術研發(fā)基地，為建設創(chuàng)新型國家、推動國民經濟和社會可持續(xù)發(fā)展做出基礎性、戰(zhàn)略性和前瞻性貢獻。
目前微生物所設有微生物資源前期開發(fā)國家重點實驗室、植物基因組學國家重點實驗室( 與遺傳與發(fā)育生物學研究所共建)、中國科學院真菌地衣系統(tǒng)學重點實驗室、中國科學院病原微生物與免疫學重點實驗室和工業(yè)微生物與生物技術研究室。擁有亞洲最大的含48萬號標本的菌物標本館和國內最大的含3.7萬多株菌種的微生物菌種保藏中心，建有微生物菌種與細胞保藏中心、微生物資源信息管理平臺、大型儀器中心和生物安全三級實驗室等技術支撐平臺，擁有藏書（刊)6萬余冊的專業(yè)性圖書館。
在微生物所掛靠的單位有中國微生物學會、中國菌物學會、中國生物工程學會。微生物所與上述有關學會編輯共同出版的學術刊物有《微生物學報》、《微生物學通報》、《菌物學報》及《生物工程學報》。