第二軍醫(yī)大學(xué)自1955年起開始招收培養(yǎng)研究生，是首批招收研究生的部隊院校。是國家首批博士和碩士學(xué)位授權(quán)單位和在職人員申請博士、碩士學(xué)位單位和放權(quán)免檢單位。1998年度，學(xué)校入選首批臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)學(xué)位博士、碩士兩級授權(quán)試點單位，并被總參謀部批準(zhǔn)為“全軍研究生培養(yǎng)單位重點建設(shè)院�！�。自1978年恢復(fù)研究生培養(yǎng)制度以來，已有4000名研究生獲得碩士或博士學(xué)位。
經(jīng)國家教育部批準(zhǔn)，第二軍醫(yī)大學(xué)于2000年6月試辦研究生院。目前，已建立了教育學(xué)、理學(xué)、醫(yī)學(xué)、管理學(xué)4個門類的研究生培養(yǎng)體系，在校研究生總數(shù)1600余人。根據(jù)學(xué)校發(fā)展規(guī)劃，在校研究生逐年將有較大幅度的增加。
全校現(xiàn)有博士生導(dǎo)師148名，碩士生導(dǎo)師415名，中國科學(xué)院院士2人，中國工程院院士2人，國務(wù)院學(xué)位委員會學(xué)科評議組成員 4人。有生物學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、藥學(xué)5個博士后流動站，生物學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合、藥學(xué)5個一級博士學(xué)位授權(quán)學(xué)科，58個二、三級博士學(xué)位授權(quán)學(xué)科，67個碩士學(xué)位授權(quán)學(xué)科。
第二軍醫(yī)大學(xué)研究生教育堅持以培養(yǎng)質(zhì)量為根本，強化三級管理責(zé)任制和導(dǎo)師負(fù)責(zé)制，學(xué)位與研究生教育工作取得了突破性的發(fā)展。首創(chuàng)“啞鈴模式”，利用一個導(dǎo)師在國內(nèi)外兩個實驗基地的有利條件，建立穩(wěn)定科研合作和聯(lián)合培養(yǎng)的關(guān)系，學(xué)位質(zhì)量不斷提高，創(chuàng)新人才不斷涌現(xiàn)。
