復旦大學藥學院（原上海醫(yī)科大學藥學院）成立于1936年，是我國辦學歷史悠久、學科齊全、師資力量雄厚的藥學院之一。成立初期稱為國立上海醫(yī)學院藥學專修科，之后歷經(jīng)多次更名，分別為國立上海醫(yī)學院藥科、國立上海醫(yī)學院藥學院、上海第一醫(yī)學院藥學系、上海醫(yī)科大學藥學院。2000年4月，原上海醫(yī)科大學與原復旦大學合并，遂更名為復旦大學藥學院�，F(xiàn)任院長為朱依諄教授。
復旦大學藥學院為全國醫(yī)藥教育學會藥學教育研究會副理事長單位。學院下設藥物化學、天然藥物化學、生物合成藥物化學、生藥學、藥劑學、藥理學、醫(yī)院藥學、藥物分析化學、放射藥學、生物化學和物理化學等11個教研室和1個藥用化學綜合實驗室，藥學研究所和《中國臨床藥學雜志》社各1個，還擁有1個衛(wèi)生部上海市臨床藥學培訓中心�，F(xiàn)有教職員工107人，其中教授（含研究員、主任技師）22人，副教授（含副研究員、副主任技師）23人。 學院具有藥學一級學科博士學位授予權(quán)，擁有藥學一級學科博士后流動站1個、二級學科博士點5個（藥劑學、藥物化學、藥理學、生藥學和生物化學）、二級學科碩士點6個（藥劑學、藥物化學、藥理學、生藥學、生物化學和藥物分析）。藥學一級學科曾被列為上海市“重中之重”建設學科和復旦大學“985”重點建設學科，藥物化學也是上海市教委重點學科。藥學院與復旦大學生命科學學院聯(lián)合設立了“國家生命科學與技術(shù)人才培養(yǎng)基地—生物醫(yī)藥點”。
近年來，藥學院在教學、科研和新藥研發(fā)領域均取得了一定的成果。重點開展了心血管及神經(jīng)系統(tǒng)疾病的藥物以及抗腫瘤、抗病毒（乙肝和艾滋病毒）藥物和新型給藥系統(tǒng)的研究，形成了新藥研究的特色領域，并與國內(nèi)外相關(guān)機構(gòu)建立了廣泛的科研合作關(guān)系。不久，藥學院將整體搬遷張江藥谷，學院的各項建設又將步入一個全新的快速發(fā)展階段，學院面臨著再次騰飛的良機！