中國協和醫(yī)科大學的前身是“北京協和醫(yī)學院”，由美國洛克菲勒基金會于1917年創(chuàng)辦；中國醫(yī)學科學院成立于1956年，是我國唯一的國家級醫(yī)學科學學術中心和綜合性科學研究機構。黨中央、國務院和國家歷屆領導人對中國協和醫(yī)科大學、中國醫(yī)學科學院十分關心支持，1997年江澤民主席親筆為中國協和醫(yī)科大學題寫了“嚴謹、博精、創(chuàng)新、奉獻”的校訓。
中國協和醫(yī)科大學、中國醫(yī)學科學院（簡稱院校)實行院校合一的管理體制，互相依托，優(yōu)勢互補，教研相長。她面向全國，承擔著科研、教學、醫(yī)療三大任務。
院校的研究生教育始于1954年，截至1965年共招收培養(yǎng)研究生210余人（無學位)。1978年院�；謴脱芯可猩�，是國務院首批批準可授予博士、碩士學位的單位，是國內目前唯一一所可授予雙博士學位（PH.D＆M.D)的學校，是實行單獨考試和招收港、澳、臺研究生、國外留學生的院校之一。隨著研究生教育的迅速發(fā)展，經國務院批準，1986年7月正式成立中國協和醫(yī)科大學研究生院，統一領導院校的學位與研究生教育工作。從此，研究生教育進入了一個新階段，培養(yǎng)基地不斷壯大，院校所屬19個院所招收培養(yǎng)研究生。經過20多年的建設與發(fā)展，院校已建成學科門類較為齊全，指導力量雄厚，科研基礎扎實的研究生培養(yǎng)基地。1978至2004年9月共招收研究生8438人，其中碩士生5325人，博士生3313人。
學科齊全，綜合優(yōu)勢顯著，學位授權點和招生專業(yè)覆蓋理學、工學、醫(yī)學、管理學四個學科門類，十個一級學科。擁有基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、生物學、藥學、中西醫(yī)結合、生物醫(yī)學工程六個一級學科博士學位授權點；博士后科研流動站四個。
院校擁有260多個實驗室，其中國家重點實驗室三個，部委級重點實驗室六個；國家重點學科18個、北京重點學科3個。院校圖書館藏書超過86萬冊，期刊5700余種，被定為國家級中心圖書館和國家科技圖書文獻中心醫(yī)學分中心；醫(yī)學文獻檢索中國中心、WHO衛(wèi)生與生物醫(yī)學信息合作中心。中國醫(yī)學文獻分析和檢索系統向全國提供醫(yī)學信息，并在全國建立起醫(yī)學信息網；公開發(fā)行期刊23種。“九五”期間承擔科研項目925項，其中國家級重點項目447項；“十五” 初期承擔科研項目927項，其中國家級重點項目465項；有較充足的科研經費，具備開展綜合性研究和尖端性研究的基礎和條件。
有一支強大的指導力量，院校擁有一大批在醫(yī)學衛(wèi)生領域經驗豐富、學術水平較高并做出杰貢獻的專家、教授。具有高級職稱人員1400多人,其中正高職604名，副高職823名，有兩院院士25人，其中中國科學院院士10人，中國工程院院士15人，博士生指導教師375人；碩士生指導教師542人，國家級和部委級有突出貢獻的中青年專家62人，教育部“長江學者獎勵計劃”特聘教授6人，院校特聘教授10人。
院校十分重視國際科技合作與學術交流，已同20多個國家（地區(qū))的醫(yī)學院校和科研機構建立起學術交流與科技合作關系。有200余名國外專家學者被授予協和醫(yī)大名譽教授或客座教授。經國務院學位委員會批準，協和醫(yī)大分別授予馬耳他共和國前總統文森特.塔博恩、美國中華醫(yī)學基金會前主席布坎南、美國中華醫(yī)學基金會主席徐旺志名譽博士學位。自1985年以來，院校相繼與美國哈佛大學醫(yī)學院、澳大利亞西澳大學醫(yī)學院、美國加州大學舊金山分校醫(yī)學院、香港中文大學醫(yī)學院、香港大學醫(yī)學院及澳門鏡湖護理學院簽訂了校際交流的協議，彼此交換學生到對方學校進行短期臨床訓練。院校有九個世界衛(wèi)生組織合作中心，通過與世界衛(wèi)生組織的合作與交流，促進了科研和研究生教育的發(fā)展。
在研究生招生中不斷調整層次，逐步擴大博士生招生，研究生教育的重點轉向以博士生教育為主。建立起醫(yī)學科學學位與醫(yī)學專業(yè)學位兩種不同規(guī)格的培養(yǎng)模式。前者以科研能力訓練為主，以培養(yǎng)從事科研和教學工作的高級專門人才為目的；后者以臨床實際工作能力訓練為主，以培養(yǎng)臨床高級專門人才為目的。
為保證研究生培養(yǎng)質量，在研究生完成課程學習及選題計劃，在即將進入科研論文實施階段時，結合研究生開題報告對其進行中期考核，由導師和本學科及相關學科的教授、副教授（或相當職稱)3-5人組成考核小組，對研究生的基礎理論、思想政治品德、專業(yè)、專業(yè)外語、綜述能力等方面進行綜合考核，對碩士生考核優(yōu)秀者可建議轉入博士階段，合格者繼續(xù)碩士生培養(yǎng)，不合格者終止學習；對博士生考核合格者繼續(xù)博士生培養(yǎng)，不合格者終止學習。并建立了研究生培養(yǎng)質量檢查評估體系，包括：臨床醫(yī)學博士生培養(yǎng)質量檢查評估；醫(yī)學科學學位研究生科研工作和論文水平評估等。
二十一世紀院校教育中、長期發(fā)展的總體目標為：醫(yī)學教育堅持高層次、小規(guī)模辦學方針，加強博士和博士后人才培養(yǎng)，承擔起培養(yǎng)一流的醫(yī)學人才，提供一流科研成果和一流的醫(yī)療服務的重任。力爭把院校辦成世界知名、全國一流的醫(yī)學科學中心和研究型大學。根據這一目標，研究生院將在以下幾個方面努力做好工作：
抓好學科建設。學科建設是高等院校的根本建設，是培養(yǎng)人才的園地，它與研究生教育相互依存，密切相關，學科建設向來是我校的重要工作。
在進一步提高碩士生培養(yǎng)質量的同時，要把工作的重點轉移到博士生的培養(yǎng)上來。嚴格考核和論文答辯制度。醫(yī)學科學博士學位論文要求創(chuàng)新、求實，與學位論文內容相關的科研論文要求在SCI檢索的雜志上發(fā)表，其影響因子不同的專業(yè)有不同的要求。繼續(xù)搞好臨床專業(yè)學位工作，加強臨床能力培養(yǎng)與考核，以造就一支高素質的臨床醫(yī)療隊伍，提高我國臨床醫(yī)療總體水平。同時，要不斷提高博士生的政治思想水平和品德修養(yǎng)。
抓好導師隊伍和管理干部隊伍建設，發(fā)揮兩支隊伍教書育人、服務育人、管理育人的作用，培養(yǎng)出合格人才。
