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公開(公告)號
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CN101016564A
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公開(公告)日
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2007.08.15
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申請(專利)號
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CN200610125372.2
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申請日期
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2006.12.08
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專利名稱
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一種檢測線粒體糖尿病的45個基因位點微陣列芯片
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主分類號
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C12Q1/68(2006.01)I
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分類號
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C12Q1/68(2006.01)I;C12N15/11(2006.01)I
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分案原申請?zhí)? |
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優(yōu)先權(quán)
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申請(專利權(quán))人
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武漢大學(xué)
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發(fā)明(設(shè)計)人
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劉松梅;周 新;李 霞;鄭 芳;涂建成;湯冬玲;曲喜英;田艷麗;蔡春林
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地址
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430072湖北省武漢市武昌珞珈山
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頒證日
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國際申請
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進入國家日期
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專利代理機構(gòu)
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武漢宇晨專利事務(wù)所
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代理人
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王敏鋒
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國省代碼
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湖北;42
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主權(quán)項
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一種檢測線粒體糖尿病45個基因位點微陣列芯片，它包括下列步驟： A、以醛基玻片為載體； B、設(shè)計引物和探針：首先從MITOMAP、mtSNP、mtDB、PubMed、中國期刊網(wǎng)和重慶維普數(shù)據(jù)庫中檢索與糖尿病的線粒體基因/mtDNA突變位點；其次以線粒體基因劍橋堿基序列/GenBank#J01415.0 gi：337188為序列；第三是采用Primer Premier 5.0和NCBI BLAST軟件，針對mtDNA 45個突變位點，設(shè)計特異性擴增目的DNA序列引物；特異性野生型和突變型寡核苷酸探針，退火溫度為56.7℃～62℃，其5′端或3′端加載長臂15T后修飾氨基基團； C、芯片點陣布控：微陣列芯片為324個樣點組成的18行×18列的矩陣，包括監(jiān)控系統(tǒng)和檢測系統(tǒng)，監(jiān)控系統(tǒng)為：①芯片陰性對照，為探針稀釋液，pH 8.0，1×TE Buffer，布控在有公共野生型探針的位點處，點樣矩陣中，mtDNA 3200，3205與3206位點公用1條野生型探針，在mtDNA 3200和3205位點的突變型探針點樣處下方，點印陰性對照；②芯片陽性對照，為mtDNA 3243和5178兩個位點的4條探針按1∶1∶1∶1比例混合的5μM溶液，布控在微陣列芯片的左邊3列，共54個陽性對照樣點；③芯片平行對照，為各位點的5μM探針溶液平行點印3個點，在矩陣中mtDNA 1888位點的野生型探針和突變型探針各點印3個樣點，共6個樣點檢測1個基因位點；檢測系統(tǒng)由mtDNA 45個位點的野生型和突變型寡核苷酸探針布控的樣點組成；每條探針采用pH8.0的1×TE Buffer稀釋為5μM溶液，并點印3個平行點，共6個樣點檢測1個基因位點，45個基因位點從左到右順序排列； D、監(jiān)控系統(tǒng)與檢測系統(tǒng)的點陣布控：監(jiān)控系統(tǒng)與檢測系統(tǒng)的點陣布控在同一區(qū)域，采用Packard芯片點樣儀點印于醛基玻片上；室溫保濕固定48～72小時，4℃冰箱保存?zhèn)溆茫? 所述的特異性野生型和突變型寡核苷酸探針： 所述的目的DNA序列引物： 引物 編號 序列，5′→3′ 擴增范圍 產(chǎn)物長度 |
7 F：TCCAAAGACAACCATCATTCC R：GATTGATGAAAAGGCGGTTGA 14470-14944 475bp |
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摘要
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本發(fā)明公開了一種檢測線粒體糖尿病的45個基因位點微陣列芯片。其步驟是以醛基玻片為載體，其次是引物和探針設(shè)計，第三是芯片點陣布控，最后是監(jiān)控系統(tǒng)與檢測系統(tǒng)的點陣布控。監(jiān)控系統(tǒng)由堿基突變位點的陰性對照、陽性對照和平行對照組成；檢測系統(tǒng)為待檢的mtDNA 45個位點的野生型和突變型探針。每芯片含1～3個0.04cm2的點樣矩陣、每個矩陣90條探針、324個樣點。實驗操作流程簡單，省時，成本低，僅需1次不對稱PCR擴增和Cy5標(biāo)記、1次雜交反應(yīng)，即可檢測1～3份不同標(biāo)本的mtDNA 45個位點。適用于糖尿病患者和高危人群的檢測，有助于臨床特殊類型糖尿病的正確診斷和分類，早發(fā)現(xiàn)病人，早預(yù)防，早治療。
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國際公布
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