免疫系統(tǒng)的遺傳基礎(chǔ)是非常復雜的。好些遺傳性免疫缺陷涉及免疫防護機制的各個部分。主要組織相容性復合物在自我識別中是重要的。主要組織相容性位點的遺傳屬常染色體隱性遺傳，所以同胞中有25%的機會帶有同樣的主要組織相容性位點。組織相容性位點對器官移植是重要的，它對器官和骨髓移植是否耐受起著主要作用。免疫系統(tǒng)的其他成分包括紅細胞表面的分子，它們在輸血中會引起免疫反應。在輸血反應和母親-胎兒抗原不相容中ABO和Rh紅細胞抗原系是特別重要的。
克隆是從一個體細胞衍生出來的，而不是來自于配子的融合(卵和精子)。從單個細胞克隆哺乳動物最近已獲成功。嵌合體是由不同遺傳來源的細胞(如移植，胚胎融合)構(gòu)成的個體。相反，單卵雙胎則是在一個精子使一個卵受孕后發(fā)育出來的兩個個體。
