本病之病原體為肺炎衣原體。1965年Grayston首次在一中國臺灣兒童之結膜分泌物中，分離出一株與其他衣原體不同的衣原體，當時命名為TW（Taiwan)-183.1983年又在美國西雅圖1名急性呼吸道感染的大學生咽部分泌物中，分離出另一株衣原體而命名為AR-39，后經(jīng)研究鑒定，發(fā)現(xiàn)此兩株實為同一種衣原體，其包涵體形態(tài)與鸚鵡熱衣原體類似，但其網(wǎng)狀體超微結構、單克隆抗體反應及DNA同源性均有別于沙眼及鸚鵡熱衣原體，1989年正式命名為TWAR，又稱肺炎衣原體，為衣原體屬中之第三種衣原體。quanxiangyun.cn
肺炎衣原體的形態(tài)與另兩種衣原體有不同，但近似鸚鵡熱衣原體，包涵體為致密卵圓形，不含糖原碘染色陰性。電鏡下原體典型為梨形，亦可呈多形性，平均直徑380nm，周圍原漿區(qū)較大；始體為球形，平均直徑510nm.quanxiangyun.cn
肺炎衣原體的主要外膜蛋白（MOMP)為主要結構蛋白，其最重要的是熱休克蛋白（HSP)，是其重要的致病物質，尤其與血管內膜損傷及動脈粥樣硬化的形成密切相關。目前所知有兩個血清型。quanxiangyun.cn
組織培養(yǎng)較其他衣原體困難，可用Hela細胞、229細胞、HEP-2（人喉癌)細胞、McCoy細胞及MTED（人氣管上皮)細胞培養(yǎng)，其中HEP-2細胞最敏感。
