中醫(yī)基礎理論除在固有理論體系范疇內不斷有所發(fā)展外，同時由于西醫(yī)學的傳入，為中醫(yī)學引進了一個參照系統(tǒng)和競爭對手，在對人體與疾病的認識方面吸收了部分西醫(yī)的觀點，一些新的概念或學說深入到人們思想中，例如生理、病理、解剖、診斷、細胞、組織、系統(tǒng)，以及神經、循環(huán)、呼吸、消化、分泌、生殖等。在基礎理論方面出現(xiàn)了一批以“生理”、“病理”、“診斷”等命名的中醫(yī)書籍和教材。l9世紀末直至20世紀40年代，否定中醫(yī)主體文化、否定中醫(yī)學的思潮對中醫(yī)基本理論進行了沖擊，中醫(yī)界奮起應戰(zhàn)（詳見第五章第一節(jié))。通過論爭雙方對中醫(yī)基本理論的反復爭辨與深入探討，使中醫(yī)界對于自身有了較為清醒的審視，認識到中西醫(yī)學文化基礎不同，出發(fā)點不同，方法不同，只能部分溝通，不能完全合并。中醫(yī)學術自成體系，它有自己的理論范疇、實踐經驗和療效證明，故始終有獨立存在的價值。論爭的結果，使中醫(yī)理論體系得到了一次較全面的整理和較科學的詮釋。
這一時期的脈學研究仍以祖述《內經》、《難經》、《脈經》、《傷寒論》等經典著作的脈學原理，結合后世名家有價值的論述和研究者個人讀書臨證心得體會如以闡揚和發(fā)揮為主要方式，出現(xiàn)了如周學海這樣對診斷學文獻進行系統(tǒng)整理，全面總結，并對脈學理論深入研究做出貢獻的醫(yī)家及其《脈學四種》等較高水平的著作。
舌診是望診的重要內容，在此期也不斷得到發(fā)展。
1920年曹炳章(赤電)撰有《彩圖辨舌指南》，本書有論有圖，有治法有醫(yī)案，兼列方藥，內容較為完備。
一、中醫(yī)經典著作的文獻研究
近代醫(yī)家在《內經》文獻學研究方面成績卓著，初期（清末民初)大多致力于經典考證、�？�，而后期則側重于闡述經義，并進行系統(tǒng)的整理類編。
清末民初，在乾嘉考據(jù)學余緒影響下《內經》訓詁研究興起。晚清經學大師俞樾(號曲園，1821～1906)的《讀書余錄》，也涉及他讀《內經》的考據(jù)心得，后人將這部分內容單獨抄錄，刊載于《三三醫(yī)書》，題名《內經辨言》(YuYue.Analysis and Explanation of Lutcmal Classic. In: Firstvolume of Three Three Mewww.med126.comdical Book:Haongzhou,1924.俞樾《內經辨言》（《三三醫(yī)書》第一集，1924年杭州排印)，胡澍撰《黃帝內經素問校義》(HuShu.Proofreading of Plain Questions of Yellow Emperor"sInternal Classic. In: Pan zhuyin,eds.16Th volume ofPangxizhai"s Collection: Wu County 1883.胡澍《黃帝內經素問校義》（吳縣潘祖蔭刻入《滂喜齋叢書》，第16期)，清光緒九年（1883年)蛟仁二位堂刻本)。顧現(xiàn)光撰寫《素問�？庇洝贰ⅰ鹅`樞�？庇洝贰銓W大師孫詒讓(1848～1908)，在前述俞氏、胡氏、顧氏之后，再度�！端貑枴�，著有《素問王冰注�！芬痪恚⊿unyirang. Annolation and Proofreading of Plain Questionsby WangBing, printed by sun in Rui’an in1894.孫詒讓《素問王冰注校》（《禮》卷11)，清光緒二十年（1894年)瑞安孫氏刻本)。
馮承熙在《素問懸解》(清同光年間陽源馮氏本)重刻時，于書末附有《校余偶記》1卷（Feng ChengxiNoquanxiangyun.cn/pharm/tes of Proofreading Work In Explanation of suspensesin Plain Questions,1872.馮承熙《校余偶識》（附《素問懸解》后)，清同治十一年至光緒六年（1872年-1880年)刻本)，計收錄其校勘心得90余條。近代在《內經》訓詁方面碩果累累。
民國時期，由于中西醫(yī)論爭激烈，《內經》研究已不再停留于訓詁詮釋，而是闡明《內經》的學術價值，旨在捍衛(wèi)中醫(yī)理論體系。惲鐵樵的《群經見智錄》和楊則民的《內經哲學之檢討》是這類研究工作的代表作。唐容川的《中西匯通醫(yī)經精義》，是以藏象學說為主體，以西醫(yī)解剖知識作為經文注腳，近代大多數(shù)醫(yī)家則傾向于仿照科學體例框架，參考西醫(yī)學科體例設計中醫(yī)學校教程，以新的思路纂輯《內經》。
《時氏內經學》與《秦氏內經學》是民國時期盛行的《內經》研究著作秦伯未致力于《內經》研究歷經數(shù)十年，早年曾有《內經》訓詁之作——《讀內經記》，后撰成《內經病機十九條研究》。秦氏又著《內經類證》（1929年)，將《素問》、《靈樞》中有關敘述病證的經文摘出，共整理得《內經》所記載病類44種和病侯311種，并對摘錄的文獻進行分類編纂，在文獻學與研究方法上較明張介賓《類經》更為深入。最后于1934年完成《秦氏內經學》。
綜上所述，近代在《內經》文獻研究方面不僅成績卓著，而且頗具時代氣息，不僅論著數(shù)量多，研究深度廣度超出前代，而且研究方法與風格亦與前人迥然不同。前期在乾嘉余緒影響下，進行了大量的《內經》訓詁，前所未有；而后期受西學影響，在《內經》文獻類編上形成奇特的框架。諸多學術因素為《內經》研究在方法論方面增添了新的活力，使得近代《內經》研究頗具特色
二、叢書、工具書的編寫
近代由于西學東漸，在醫(yī)學領域，除了繼承前代繼續(xù)匯集列刻經典醫(yī)籍和匯刻經過精校、評注的典籍外，以匯刻臨床實用醫(yī)書和醫(yī)學入門讀物成為主流。中西醫(yī)書的合刻及匯通醫(yī)學公書的出現(xiàn)，是這一時期叢書領域的特點。醫(yī)學工具書在這一時期有較大的發(fā)展，不僅首次出現(xiàn)了辭典類著作，而且各種書目在此對期得到了突飛猛進的發(fā)展，為現(xiàn)代醫(yī)學辭典類著作和各種工具書的編寫奠定了基礎。據(jù)《中醫(yī)圖書聯(lián)合目錄》（1960年)所載，這一時期的醫(yī)學叢書約有135部，辭典類著作約14部，書目類著作約34部。
三、醫(yī)學史研究
陳邦賢著《中國醫(yī)學史》為中國第一部醫(yī)學通史，我國系統(tǒng)研究醫(yī)學史著作之濫觴。伍連德稱其為“空前之杰作矣�！�(ChenBangxian. Preface of the first edition of ChineseMedical History. Shanghai Medical PublishingHouse,1920.陳邦賢：《中國醫(yī)學史》第1版序，上海醫(yī)學書局l920年)，作者認為一人學識有限，為了集思廣益，倡建“醫(yī)史研究會”（Chen Bangxian Regulations of the Research society ofMedieal Histoy J Tradi Chin 8 West Med,1914,10thissue.《醫(yī)史研究會章程》刊于《中西醫(yī)學報》l914年5月，第4年合訂本第10期)，“邀我邦諸友，入會磋磨”，共同修改補充。參與討論的研究會成員中不乏醫(yī)界名流，如余伯陶先生，他是神州醫(yī)藥總會會長，陳氏書中記載民國初年中醫(yī)界為興辦教育開展請愿抗爭之事，余先生正是這次請愿活動的組織者，可見這一節(jié)記載翔實可信，是來源于當事者的第一手資料。這部專著內容豐富，給后人留下許多可貴的史料。
近代我國另一部重要的醫(yī)學史著件，是王吉民、伍連德合作撰寫的《History of ChineseMediecine(中國醫(yī)史，英文)》。伍連德，王吉民是中華醫(yī)史學會的創(chuàng)始人。此書在近代西洋醫(yī)學傳入中國的歷史進程方面，記述甚詳，內容豐富，書中引用了大量的第一手資料（如教會、海關中有關資料)，對西醫(yī)在我國逐步成長的歷史作了翔實記載。
近代較晚年代的醫(yī)史著作，有李濤的《醫(yī)學史綱》，陳邦資《中國醫(yī)學史》，王吉民、伍德《中國醫(yī)史（英文)》和李濤《醫(yī)學史紉》等三部著作，是中國近代具有代表性的醫(yī)學史研究成果。
在中國醫(yī)藥發(fā)展史研究方面，隨著興辦中醫(yī)教育，在各院校教材的基礎上，產生出幾部醫(yī)史著作。謝觀(利恒)《中國醫(yī)學源流論》(1935年)是一部中醫(yī)史佳作。
近代我國醫(yī)史界在開拓疾病史研究方面成績卓著。
博物館在我國作為一種獨立的文化機構發(fā)軔于近代。1938年中國醫(yī)史博物館正式成立，王吉民任館長，該館是我國最早的醫(yī)史專業(yè)博物館。
