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實(shí)用免疫細(xì)胞與核酸:第二節(jié) DNA的變性與復(fù)性

一、DNA變性DNA變性是指雙螺旋之間氫鍵斷裂,雙螺旋解開(kāi),形成單鏈無(wú)規(guī)則線(xiàn)團(tuán),因而發(fā)生性質(zhì)改變(如粘度下降,沉降速度增加,浮力上升,紫外吸收增加等),稱(chēng)為DNA變性。加熱、改變DNA溶液的pH、或受有機(jī)溶劑(如乙醇、尿素、甲酰胺及丙酰胺等)等理化因素的影響,均可…

一、DNA變性

DNA變性是指雙螺旋之間氫鍵斷裂,雙螺旋解開(kāi),形成單鏈無(wú)規(guī)則線(xiàn)團(tuán),因而發(fā)生性質(zhì)改變(如粘度下降,沉降速度增加,浮力上升,紫外吸收增加等),稱(chēng)為DNA變性。加熱、改變DNA溶液的pH、或受有機(jī)溶劑(如乙醇尿素、甲酰胺及丙酰胺等)等理化因素的影響,均可使DNA變性。

通常,可利用DNA變性后波長(zhǎng)260nm處紫外吸收的變化追蹤變性過(guò)程。因?yàn)镈NA在260nm處有最大吸收值這一特征是由于含有堿基組成的緣故,在DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)模型中堿基藏于內(nèi)側(cè),變性時(shí)由于雙螺旋解開(kāi),于是堿基外露,260nm紫外吸收值因而增加,這一現(xiàn)象稱(chēng)為增色效應(yīng)(hyperchromic effect)。見(jiàn)圖18-2。

圖18-2 DNA的增色反應(yīng)

如果升高溫度使DNA變性,以溫度對(duì)紫外吸收作圖,可得到一條曲線(xiàn),稱(chēng)為溶解曲線(xiàn)(見(jiàn)圖18-3),由圖可見(jiàn)當(dāng)溫度升高到一定范圍時(shí),DNA溶液在260nm處的吸光度突然明顯上升至最高值,隨后即使溫度繼續(xù)升高,其吸光度也無(wú)明顯變化。由此說(shuō)明DNA變性是在一個(gè)很窄的溫度范圍內(nèi)發(fā)生,增色效應(yīng)是爆發(fā)式的。從而也說(shuō)明當(dāng)達(dá)到一定溫度時(shí),DNA雙螺旋幾乎是同時(shí)解開(kāi)的。通常人們把50%DNA分子發(fā)生變性的溫度稱(chēng)為變性溫度(即熔解曲線(xiàn)中點(diǎn)對(duì)應(yīng)的溫度),由于這一現(xiàn)象和結(jié)晶的融解相類(lèi)似,故又稱(chēng)融點(diǎn)或融解溫度(melting temperature, Tm)。因此Tm是指消光值上升到最大消光值一半時(shí)的溫度。

圖18-3 DNA的Tm值

綜上所述,Tm值和增色效應(yīng)是目前描述DNA特性所常用的兩個(gè)量。假定一個(gè)DNA大分子最初全部是雙螺旋結(jié)構(gòu),在熱變性后消光系數(shù)上升30%以上;如果DNA原先局部就處于單鏈狀態(tài)(例如在分子末端),則變性后上升較少。增色效應(yīng)的大小是DNA性質(zhì)的一個(gè)簡(jiǎn)單指標(biāo),與分子量無(wú)關(guān)。Tm不是一個(gè)固定的數(shù)值,它與很多因素有關(guān):pH、離子強(qiáng)度和DNA的堿基比例。隨著溶劑內(nèi)離子強(qiáng)度上升,Tm值也隨著增大。在某一離子強(qiáng)度(~10-3M)以下,無(wú)需加熱就使溶于其中的DNA出現(xiàn)不可逆變性。與A-T堿基配對(duì)比較,DNA雙螺旋內(nèi)的G-C配對(duì)更為牢固。在相同條件下,DNA內(nèi)G-C配對(duì)含量高,其Tm值也高。

假定在一個(gè)雙鏈DNA分子內(nèi)某些片段含有較多G-C堿基對(duì),根據(jù)它們局部Tm值差,用電子顯微鏡就可以觀察和測(cè)量到這些片段,如在DNA某一片段內(nèi)含有較多的A-T堿基對(duì),在某一個(gè)溫度時(shí)就可能出現(xiàn)雙鏈解離的現(xiàn)象。但在同一溫度下,含G-C對(duì)較多部分仍然保持雙鏈結(jié)構(gòu)。這是一種非常有用的技術(shù)。

DNA的Tm值與以下因素有關(guān):

(1)DNA的均一性:均一DNA如病毒DNA,解鏈發(fā)生在很窄的范圍內(nèi),而不均一的DNA如動(dòng)物細(xì)胞NDA其Tm值的范圍則較寬。

(2)DNA分子中(G+C)的含量:一定條件下DNA的Tm值,由G+C含量所決定,因?yàn)镚+C之間有3個(gè)氫鏈,因此G+C含量較高的DNA,Tm值較高,二者的關(guān)系可用以下經(jīng)驗(yàn)式表示:

%(G+C)=(Tm-63.0)×2.44

quanxiangyun.cn/shouyi/實(shí)驗(yàn)表明DNA分子中(G+C)quanxiangyun.cn/yaoshi/克分子含量百分比的大小與Tm值的高低呈直線(xiàn)關(guān)系,見(jiàn)圖18-4。

圖18-4 DNA和Tm值與G-C含量的關(guān)系

(3)溶劑的性質(zhì):Tm不僅與DNA本身性質(zhì)有關(guān),而且與溶液的條件有關(guān),通常溶液的離子強(qiáng)度較低時(shí),Tm值較低,融點(diǎn)范圍也較寬,離子強(qiáng)度增高時(shí),Tm值長(zhǎng)高,融點(diǎn)范圍也變窄。因此,DNA制劑不應(yīng)保存在離子強(qiáng)度過(guò)低的溶液中,一般保存在1mol/l NaCl溶液中較穩(wěn)定。

二、復(fù)性

變性DNA只要消除變性條件,二條互補(bǔ)鏈還可以重新結(jié)合,恢復(fù)原來(lái)的雙螺旋結(jié)構(gòu),這一過(guò)程稱(chēng)為復(fù)性(renaturation)。通常DNA熱變性后,將溫度緩慢冷卻,并維持在比Tm低25~30℃左右時(shí),變性后的單鏈DNA即可恢復(fù)雙螺旋結(jié)構(gòu),因此,這一過(guò)程又叫做退火。復(fù)性后的DNA,理化性質(zhì)都能得到恢復(fù)。倘若DNA熱變后快速冷卻,則不能復(fù)性(圖18-5)。

圖18-5 熱變性過(guò)程和兩種冷卻過(guò)程示意圖

影響復(fù)性速度的因素很多,同樣條件下,DNA順序簡(jiǎn)單的分子復(fù)性很快,如polyd[T]和polyd[A]由于彼此互補(bǔ)識(shí)別很快,故能迅速?gòu)?fù)性。但順序較復(fù)雜的DNA分子復(fù)性則較慢。因此通過(guò)變性速率的研究,可以了解DNA順序的復(fù)雜性。DNA片段的大小也影響變性的速率,因?yàn)镈NA片段愈大,擴(kuò)散速度愈低,使DNA片段線(xiàn)狀單鏈互相發(fā)現(xiàn)互補(bǔ)的機(jī)會(huì)減少。因此,在復(fù)性實(shí)驗(yàn)中,有時(shí)將DNA切成小片段,再進(jìn)行復(fù)性。同樣條件下,同一種DNA濃度愈高,復(fù)性速度也愈快。溶液的離子強(qiáng)度對(duì)復(fù)性速度也有影響,通常鹽濃度較高時(shí),復(fù)性速度較快。

Doty研究小組是最早對(duì)DNA變性過(guò)程進(jìn)行深入研究的。它們所獲得的結(jié)果表明,在達(dá)到Tm值時(shí),兩條DNA單鏈分離開(kāi)。如果在加熱之后慢慢地冷卻,則出現(xiàn)部分復(fù)性,即DNA的一部分回復(fù)到雙螺旋結(jié)構(gòu)。復(fù)性的程度取決于DNA濃度及信息含量的多少。病毒DNA(信息含量少)比哺乳動(dòng)物DNA容易復(fù)性,而DNA濃度較高時(shí),有利于復(fù)性,快速冷卻使DNA仍然處于變性狀態(tài),這時(shí)自由單鏈成鏈線(xiàn)團(tuán)結(jié)構(gòu)。對(duì)這種情況,人們稱(chēng)之為螺旋-線(xiàn)團(tuán)轉(zhuǎn)化過(guò)程(helix-coil-transition)?焖倮鋮s時(shí)消光系數(shù)固然有所下降,但比天然DNA的數(shù)值始終要大。

細(xì)胞核DNA復(fù)性的動(dòng)力學(xué)研究指出,DNA內(nèi)很少片段有重復(fù)的或很相似的堿基順序(所謂重復(fù)DNA)。DNA復(fù)性的程度和過(guò)程與其信息含量的多少等有關(guān);因而病毒DNA比細(xì)菌DNA復(fù)性得快。Britten發(fā)現(xiàn)一種測(cè)定和觀察復(fù)性過(guò)程的方法。X軸表示變性DNA原始濃度(Co)和保溫時(shí)間的乘積,縱軸表示DNA復(fù)性部分(重新作為雙螺旋結(jié)構(gòu)出現(xiàn))。DNA比例可以用羥基磷灰石柱的辦法加以確定,因?yàn)檫@種柱能夠使單鏈和雙鏈DNA分離開(kāi)來(lái)。DNA復(fù)性曲線(xiàn)呈S形,隨著信息含量增加,此形狀相同曲線(xiàn)往往較高Co.t值處移動(dòng)。奇怪的是,從細(xì)胞核來(lái)的DNA在復(fù)性時(shí)顯示出完全不同的情形:這些DNA中的一部分異?斓貜(fù)性,而另一些DNA只有在極高的Co.t值時(shí)才出現(xiàn)預(yù)期的復(fù)性。對(duì)快速?gòu)?fù)性可以作這樣的解釋?zhuān)丛谀骋籇NA之內(nèi)同時(shí)有幾個(gè)相同或很類(lèi)似的順序存在,因而找重復(fù)順序比找DNA內(nèi)唯一順序要快得多。后者含有特殊的遺傳信息,常被稱(chēng)為獨(dú)特DNA。與之相反是重復(fù)DNA片段。

真核DNA自發(fā)復(fù)性的一種特殊途徑是通過(guò)發(fā)夾結(jié)構(gòu)。對(duì)單鏈而言,要生成這種發(fā)夾結(jié)構(gòu),要求一種特定的堿基順序,這種順序稱(chēng)作回文(正讀反讀都相同)結(jié)構(gòu)。為了構(gòu)成回文結(jié)構(gòu),DNA片段的堿基順序必須在互補(bǔ)鏈內(nèi)找到相反的順序;在具有相反堿基順序的兩個(gè)DNA片段之間,顯然常常出現(xiàn)短的中間片段由于存在這樣的核苷酸順序,在復(fù)性時(shí)就能形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)。

如果存在很多重復(fù)回文結(jié)構(gòu),在部分復(fù)性時(shí)就能通過(guò)形成DNA側(cè)鏈而出現(xiàn)十字結(jié)構(gòu)。DNA回文結(jié)構(gòu)使DNA片段出現(xiàn)回旋對(duì)稱(chēng)性。這種結(jié)構(gòu)常常出現(xiàn)在DNA和蛋白質(zhì)之間相互作用的地方,特別是后者起控制作用時(shí)。

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