臨床醫(yī)學系成立于1985年。臨床醫(yī)學專業(yè)是我校開設(shè)最最、規(guī)模最大的專業(yè)。是四川省臨床醫(yī)學本科人才培養(yǎng)基地。設(shè)有臨床醫(yī)學（婦產(chǎn)科學)、臨床醫(yī)學（眼耳鼻喉科學)、臨床醫(yī)學（骨科)等專業(yè)方向。設(shè)置內(nèi)科學、外科學、婦產(chǎn)科學、兒科學、皮膚病學、傳染病學、神經(jīng)病學、耳鼻喉科學、急診醫(yī)學、精神病學、診斷學等11個教研室，擁有臨床技能中心和外科實驗室等2個實驗教學中心，設(shè)備先進，設(shè)施一流。
臨床醫(yī)學系擁有一支熱愛教育事業(yè)、臨床經(jīng)驗豐富、人員層次結(jié)構(gòu)合理、教學效果優(yōu)良的師資隊伍，實力雄厚。現(xiàn)有專職教師330余人，其中正、副高級職稱專家150余人；大部分教師擁有研究生以上學歷，其中35人獲得博士學位；有留學歸國人員16人；兼職博士生導(dǎo)師1人，碩士生導(dǎo)師51人；四川省學術(shù)技術(shù)帶頭人1人，后備人才7人；四川省衛(wèi)生廳學術(shù)技術(shù)帶頭人7人，后備人才12人；四川省醫(yī)學會副會長1人；擔任國家及四川省各醫(yī)學專委會副主任委員及委員等21人次；享受國務(wù)院特殊津貼專家2人；全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進工作者1人；四川省“五一”勞動獎?wù)芦@得者1人。
臨床醫(yī)學系高度重視學科專業(yè)建設(shè)，成果卓著quanxiangyun.cn。擁有內(nèi)科學（風濕病學)及風濕免疫學、臨床神經(jīng)電生理、普通外科學、神經(jīng)外科學等5門省級重點及省醫(yī)學重點學科。擁有《診斷學》、《神經(jīng)病學》等2門省級精品課程。近幾年，獲國家自然科學基金委立項資助課題5項；主持或參研科技部、教育部等重大課題7項；獲省科技廳、教育廳、衛(wèi)生廳、中醫(yī)藥管理局等課題100余項。近5年，獲四川省科技進步獎7項，其中一、二等獎各1項，三等獎5項；獲四川省教學成果三等獎1項。2006年，內(nèi)科學成為我校首批碩士學位授予點之一。4年來，研究生招生規(guī)模持續(xù)穩(wěn)定增加，目前有在讀研究生176人。
臨床醫(yī)學系長期注重學生實踐能力與創(chuàng)新精神的培養(yǎng)。近5年，我系學生為第一作者發(fā)表論文40余篇；100余人獲國家獎學金；近200人獲四川省綜合素質(zhì)A級證書；300余人次獲省三好學生、省“十佳”青年學生、省優(yōu)秀團員等省級榮譽稱號；20余個學生團體、200余人次在國家及省、市各類科技文化比賽中獲獎，其中2005、2008和2009年分獲全國大學生“挑戰(zhàn)杯”獎二、三等獎共3項；近5年本科畢業(yè)生一次就業(yè)率超過92％。
多年來，臨床醫(yī)學系按照學校制定的“寬口徑、厚基礎(chǔ)、強能力、高素質(zhì)”復(fù)合型人才培養(yǎng)思路，秉承“艱苦奮斗，自強不息”的川北醫(yī)精神，為川北地區(qū)衛(wèi)生、醫(yī)療戰(zhàn)線培養(yǎng)了大批優(yōu)秀人才。在未來的日子里，臨床醫(yī)學系將本著“在繼承中學習，在借鑒中超越，在競爭中發(fā)展，在創(chuàng)新中飛躍”的態(tài)度，努力創(chuàng)造更輝煌的明天!
