南方醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院的前身為原第一軍醫(yī)大學(xué)基礎(chǔ)部，成立于1951年，2005年6月隨學(xué)校移交廣東省后更名為南方醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。
學(xué)院下設(shè)4個(gè)系、8個(gè)教研室、1個(gè)研究所、1個(gè)實(shí)驗(yàn)教學(xué)管理中心�，F(xiàn)有2個(gè)博士后科研流動(dòng)站、2個(gè)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)、8個(gè)二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn), 3個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)、11個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)；擁有1個(gè)國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科、1個(gè)國(guó)家重點(diǎn)(培育)學(xué)科、2個(gè)“長(zhǎng)江學(xué)者”特聘教授崗位學(xué)科，3個(gè)廣東省重點(diǎn)學(xué)科，1個(gè)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，5個(gè)廣東省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，1個(gè)廣東省創(chuàng)傷救治科研中心，1個(gè)廣東省國(guó)際合作基地，1個(gè)廣東省司法鑒定中心等一批處于國(guó)內(nèi)先進(jìn)水平的科研基地和實(shí)驗(yàn)技術(shù)平臺(tái)。
學(xué)院現(xiàn)有教職工216人，其中教師160人，技術(shù)人員56人。專任教師中，有正教授46人、副教授40人；博士生導(dǎo)師53人、碩士生導(dǎo)師33人；具有博士學(xué)位的教師占80%以上。有國(guó)家級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)一個(gè)，擁有中國(guó)科學(xué)院院士1名，中國(guó)工程院院士1名；國(guó)家級(jí)教學(xué)名師2人，全國(guó)模范教師和全國(guó)優(yōu)秀教師3人，“長(zhǎng)江計(jì)劃特聘教授”3人，973項(xiàng)目首席科學(xué)家1人醫(yī)學(xué).全在.線www.med126.com、國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者3人、享受政府特殊津貼者16人。 先后有20余人次獲中國(guó)青年科技獎(jiǎng)、“新世紀(jì)百千萬(wàn)人才工程”國(guó)家級(jí)人選、廣東省科學(xué)技術(shù)突出貢獻(xiàn)獎(jiǎng)、廣東省丁穎科技獎(jiǎng)、南粵優(yōu)秀教師等榮譽(yù)。2009年被評(píng)為全國(guó)教育系統(tǒng)先進(jìn)集體。
學(xué)院承擔(dān)全校各學(xué)制、各專業(yè)、各層次的基礎(chǔ)課、專業(yè)基礎(chǔ)課和專業(yè)課教學(xué)工作，開(kāi)設(shè)了101門課程，每年承擔(dān)近5萬(wàn)學(xué)時(shí)的教學(xué)任務(wù)。開(kāi)設(shè)了基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、生物信息學(xué)、醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)及病理學(xué)4個(gè)專業(yè)，現(xiàn)有本科學(xué)生400多名。目前在讀博士生100多名、碩士生200多名，在站博士后人員7人。還承擔(dān)了國(guó)內(nèi)訪問(wèn)學(xué)者和進(jìn)修學(xué)員的教學(xué)任務(wù)，組織舉辦多種類型的繼續(xù)教育項(xiàng)目。建有國(guó)家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心，出版了一系列高質(zhì)量的專業(yè)教材，參考書(shū)及輔導(dǎo)教材。教學(xué)改革不斷推進(jìn)，在應(yīng)用現(xiàn)代技術(shù)開(kāi)展課程改革、實(shí)驗(yàn)課程教學(xué)研究以及教學(xué)科研結(jié)合培養(yǎng)創(chuàng)新人才等方面具有一定特色，教學(xué)質(zhì)量穩(wěn)步提高，先后獲省部級(jí)優(yōu)秀教學(xué)成果獎(jiǎng)9項(xiàng)，有國(guó)家精品課程2門，國(guó)家級(jí)雙語(yǔ)教學(xué)示范課程1門。
建有 “轉(zhuǎn)基因和敲基因技術(shù)”、“蛋白質(zhì)組學(xué)”、“斑馬魚(yú)模式生物”、 “組織工程”等多個(gè)高新技術(shù)平臺(tái)，在臨床應(yīng)用解剖學(xué)、鼻咽癌及大腸癌發(fā)生與轉(zhuǎn)移機(jī)理、休克微循環(huán)、細(xì)胞信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、神經(jīng)元凋亡機(jī)制、聽(tīng)覺(jué)神經(jīng)機(jī)制及可塑性、地中海貧血等領(lǐng)域具較大的學(xué)術(shù)影響。“十一五”以來(lái)，先后承擔(dān)各類課題近200項(xiàng)，獲得經(jīng)費(fèi)七千余萬(wàn)元醫(yī)學(xué)全在線網(wǎng)站www.med126.com。主持國(guó)家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目5項(xiàng)、“863”項(xiàng)目1項(xiàng)、“973”分題2項(xiàng)、教育部"長(zhǎng)江學(xué)者和創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)發(fā)展計(jì)劃"項(xiàng)目 1項(xiàng)；作為第一完成單位先后獲得省部級(jí)以上科技成果6項(xiàng)，其中獲廣東省科學(xué)技術(shù)突出貢獻(xiàn)獎(jiǎng)1項(xiàng)，廣東省科學(xué)技術(shù)一等獎(jiǎng)3項(xiàng)、二等獎(jiǎng)2項(xiàng)。發(fā)表論文1000余篇，其中ＳＣＩ收錄論文140余篇。
學(xué)院先后和美國(guó)、英國(guó)、德國(guó)、法國(guó)、加拿大、日本、新加坡、香港等國(guó)家和地區(qū)高等院校、科研院所建立了長(zhǎng)期合作關(guān)系，主辦有《中國(guó)臨床解剖學(xué)雜志》等國(guó)家級(jí)學(xué)術(shù)刊物，為學(xué)院發(fā)展創(chuàng)造了良好的學(xué)術(shù)交流與合作的環(huán)境。
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