安徽醫(yī)科大學(xué)1956年經(jīng)衛(wèi)生部、教育部批準(zhǔn)開始招收研究生。 1990年經(jīng)國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)為博士學(xué)位授權(quán)單位，成為第一個(gè)具有博士學(xué)位授予權(quán)的省屬高校。1996年經(jīng)國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)獲準(zhǔn)開展在職人員申請(qǐng)碩士學(xué)位工作。1998年經(jīng)教育部批準(zhǔn)，可以招生港澳臺(tái)研究生。截至2006年9月，學(xué)校現(xiàn)有
藥理學(xué)、皮膚病與性病學(xué)、
老年醫(yī)學(xué)、流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)、免疫學(xué)、內(nèi)科學(xué)、神經(jīng)病學(xué)、兒少衛(wèi)生與婦幼保健學(xué)8個(gè)博士學(xué)位授權(quán)學(xué)科和64個(gè)碩士學(xué)位授權(quán)學(xué)科
quanxiangyun.cn，設(shè)有臨床醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)3個(gè)博士后科研流動(dòng)站，具有臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)碩士學(xué)位和公共衛(wèi)生專業(yè)碩士學(xué)位（MPH)授予權(quán)，還有1個(gè)七年制本碩連讀專業(yè)（臨床醫(yī)學(xué))。現(xiàn)有博士生導(dǎo)師65人、碩士生導(dǎo)師500余人，在校博士生112人、碩士生1257人、港澳臺(tái)研究生17人，另有在職攻讀碩士學(xué)位研究生36人，研究生課程進(jìn)修班學(xué)員600余人。
“十五”期間我校研究生教育事業(yè)得到快速發(fā)展，在各級(jí)領(lǐng)導(dǎo)的高度重視下，我校研究生教育在規(guī)模擴(kuò)大的同時(shí)，狠抓研究生培養(yǎng)質(zhì)量。在課程設(shè)置方面，1997年以前全部研究生課程共只有27門課，1998年開設(shè)了可供研究生選修的課程達(dá)63門，2000年正式實(shí)行學(xué)分制，近5年內(nèi)先后3次組織專家論證調(diào)整了研究生課程設(shè)置計(jì)劃，實(shí)現(xiàn)了研究生課程設(shè)置“推陳出新”的良性機(jī)制。在培養(yǎng)管理方面，逐步規(guī)范化、科學(xué)化，1997年以前一直是紙質(zhì)化管理，1998年開始使用數(shù)據(jù)庫(kù)技術(shù)，2002年開始建立研究生管理信息系統(tǒng)。在學(xué)位授予方面，為保證學(xué)位授予質(zhì)量，在研究生后期培養(yǎng)過程中，重點(diǎn)加強(qiáng)了開題、中期檢查等工作。在論文發(fā)表要求方面，2000年以前授予學(xué)位沒有公開發(fā)表論文的要求
quanxiangyun.cn，自2001年開始要求碩士研究生在申請(qǐng)學(xué)位前必須以安徽醫(yī)科大學(xué)為第一作者單位在中國(guó)科技論文統(tǒng)計(jì)源期刊公開發(fā)表論文一篇、博士研究生在國(guó)家級(jí)核心期刊發(fā)表論文一篇。從2003年開始，研究生發(fā)表論文的要求進(jìn)一步提高，碩士研究生要在相關(guān)專業(yè)國(guó)家級(jí)核心期刊以第一作者發(fā)表論文一篇、博士研究生要在相關(guān)專業(yè)SCI收錄期刊以第一作者發(fā)表論文一篇�！笆濉逼陂g研究生的科學(xué)研究工作及其所發(fā)表的大量論文對(duì)我�？茖W(xué)研究事業(yè)的發(fā)展起到了積極的推動(dòng)作用，對(duì)實(shí)現(xiàn)我校由教學(xué)型大學(xué)向教學(xué)研究型大學(xué)轉(zhuǎn)變做出了巨大貢獻(xiàn)。
“十一五”期間，在校黨委和行政的正確領(lǐng)導(dǎo)下，樹立科學(xué)發(fā)展觀，圍繞學(xué)�！白龃笞鰪�(qiáng)”的目標(biāo)，大力發(fā)展研究生教育，進(jìn)一步加強(qiáng)學(xué)科、學(xué)位點(diǎn)建設(shè)，導(dǎo)師隊(duì)伍建設(shè)
quanxiangyun.cn，研究生教育管理等各個(gè)方面工作；進(jìn)一步協(xié)調(diào)研究生教育規(guī)模與質(zhì)量提高之間的關(guān)系，堅(jiān)持“以人為本”，以全面提高研究生培養(yǎng)質(zhì)量作為研究生教育發(fā)展的終極目標(biāo)，積極引導(dǎo)全體研究生、研究生導(dǎo)師及管理人員廣泛
地參與研究生教育改革與發(fā)展的各個(gè)領(lǐng)域。通過一代代安醫(yī)大人的不懈努力，將安徽醫(yī)科大學(xué)建設(shè)成為國(guó)內(nèi)知名的醫(yī)科大學(xué)。
目前研究生學(xué)院作為我校研究生教育的主管部門，設(shè)有招生辦公室、培養(yǎng)辦公室、學(xué)位辦公室、年級(jí)辦公室、就業(yè)辦公室、總支辦公室、學(xué)院辦公室等科室。
