學校設有黨委（院)辦公室、組織部、宣傳（統戰(zhàn))部、保衛(wèi)（武裝)部、紀檢監(jiān)察審計處、教務處、教學保障處、科研處、臨床管理處、學生處、人事處、國際交流與對外合作構處、計劃財務處、基建處、后勤處、校團委等機關職能部門。設有基礎醫(yī)學院、人文信息管理學院、臨床醫(yī)學院、藥學院、檢驗醫(yī)學院、護理學院、醫(yī)學影像系、生物醫(yī)學系、公共衛(wèi)生系、心理學系、思想政治理論課教學部等教學單位。有教育技術中心、圖書館等教輔機構。有科研中心、四川應用心理學研究中心、發(fā)育與再生實驗室、成都醫(yī)學院藥物研究所、成都醫(yī)學院高等教育研究室、《成都醫(yī)學院學報》編輯部等教研機構。有附屬醫(yī)院11所（含非直管附屬醫(yī)院)。并設有教學、科研、管理相關的專業(yè)委員會等輔助決策機構。