| 代碼 | 單位 | 代碼 | 單位 | 代碼 | 單位 | 代碼 | 單位 |
| 01 | 基礎醫(yī)學院 | 06 | 天然藥物藥理重點實驗室 | 11 | 第三附屬醫(yī)院 | 16 | 成都軍區(qū)昆明總醫(yī)院 |
| 02 | 口腔學院 | 07 | 神經(jīng)科學研究所 | 12 | 第四附屬醫(yī)院 | 17 | 昆明市第一人民醫(yī)院 |
| 03 | 公衛(wèi)學院 | 08 | 健康研究所 | 13 | 昆明醫(yī)學院附屬昆華醫(yī)院（云南省第一人民醫(yī)院) | 18 | 中國醫(yī)學科學院昆明醫(yī)學生物研究所 |
| 04 | 法醫(yī)學院 | 09 | 第一附屬醫(yī)院 | 14 | 昆明醫(yī)學院附屬延安醫(yī)院（昆明市延安醫(yī)院) | 19 | 云南省疾病預防控制中心 |
| 05 | 藥學院 | 10 | 第二附屬醫(yī)院 | 15 | 昆明醫(yī)學院第六附屬醫(yī)院（玉溪市人民醫(yī)院) | 20 | 云南省藥物依賴研究所 |
