中國(guó)藥科大學(xué)隸屬教育部，是面向二十一世紀(jì)國(guó)家重點(diǎn)建設(shè)的一百所大學(xué)之一，中藥學(xué)院是學(xué)校的一個(gè)分院。
學(xué)院位于南京名勝燕子磯畔，座落在占地近400畝的中國(guó)藥科大學(xué)燕子磯校區(qū)，校園內(nèi)建筑依山就勢(shì)，風(fēng)格獨(dú)特，環(huán)境優(yōu)美，具有濃郁的文化內(nèi)涵。
中藥學(xué)院前身為南京藥學(xué)院生藥系，80年代初改名為中藥系，1985年經(jīng)國(guó)家教委批準(zhǔn)，籌建南京中藥學(xué)院，1986年根據(jù)國(guó)家教委決定，與南京藥學(xué)院合并，成立中國(guó)藥科大學(xué)，改稱中國(guó)藥科大學(xué)中藥學(xué)院。1998年12月，中藥研究所并入中藥學(xué)院。
中藥學(xué)院現(xiàn)設(shè)天然藥物化學(xué)、生藥學(xué)藥用植物學(xué)、中藥制劑學(xué)、中藥藥理學(xué)、中藥分析學(xué)和中醫(yī)藥學(xué)等6個(gè)教研室，另設(shè)生藥學(xué)、中藥復(fù)方學(xué)、中藥開(kāi)發(fā)、遺傳育種學(xué)、中藥生物技術(shù)和中藥資源學(xué)等6個(gè)研究室；并附設(shè)有中藥標(biāo)本館與藥用植物園。其中天然藥物化學(xué)教研室是我校國(guó)家級(jí)重點(diǎn)學(xué)科藥物化學(xué)學(xué)科的重要組成部分，生藥學(xué)科是國(guó)家級(jí)重點(diǎn)學(xué)科，現(xiàn)代中藥與天然藥物化學(xué)為江蘇省重中之重學(xué)科，學(xué)院還設(shè)有原國(guó)家醫(yī)藥管理局新藥研究管理中心南京中藥復(fù)方和質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。
中藥學(xué)院現(xiàn)有學(xué)生近1600多名，其中本科生1220余名，碩士生和博士生400余名。根據(jù)教育部專業(yè)設(shè)置的要求，并考慮到學(xué)生畢業(yè)后的工作需要，本科生的培養(yǎng)在中藥學(xué)專業(yè)內(nèi)分設(shè)中藥分析、中藥制藥、中藥生物技術(shù)等三個(gè)專業(yè)方向。中藥學(xué)院設(shè)有國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)的中藥學(xué)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)，生藥學(xué)二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)，天然藥物化學(xué)是我校藥物化學(xué)博士點(diǎn)的重要組成部分，中藥藥理學(xué)是我校藥理學(xué)博士點(diǎn)的重要組成部分，另外還設(shè)有中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)的博士點(diǎn)。天然藥物化學(xué)、生藥學(xué)、中藥藥理學(xué)等學(xué)科作為我校藥學(xué)博士后流動(dòng)站的重要組成部分，均可招收博士后研究人員。中國(guó)藥科大學(xué)是教育部指定的接收藥學(xué)類外國(guó)留學(xué)生的學(xué)校，作為我校培養(yǎng)留學(xué)生的重要基地，中藥學(xué)院每年招收較多來(lái)自世界各地的外國(guó)本科生、碩士生和博士生。
學(xué)院現(xiàn)有在編教職工97名，其中長(zhǎng)江學(xué)者特聘教授2名，國(guó)家杰出青年基金獲得者4名，教授和研究員29名，副教授、副研究員27名。45歲以下的教授、副教授及年輕的學(xué)科帶頭人和骨干教師不斷涌現(xiàn)，全院現(xiàn)有博士生導(dǎo)師14名，其中45歲以下的有5名。已故著名中醫(yī)藥學(xué)家、中科院學(xué)部委員葉桔泉教授，著名生藥學(xué)家中國(guó)科學(xué)院院士徐國(guó)鈞教授在學(xué)院執(zhí)教終身。
近年來(lái)，學(xué)院承擔(dān)了多項(xiàng)國(guó)家攻關(guān)項(xiàng)目和國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目及大量省部級(jí)重點(diǎn)科研項(xiàng)目。年均科研經(jīng)費(fèi)超過(guò)600萬(wàn)元。獲獎(jiǎng)科研項(xiàng)目主要有:
1．“長(zhǎng)沙馬王堆一號(hào)漢墓古尸研究”獲全國(guó)科學(xué)大會(huì)獎(jiǎng)；
2．“常用中藥材品種整理和質(zhì)量研究” 獲國(guó)家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步一等獎(jiǎng)；
3．“番紅花球莖復(fù)壯、增產(chǎn)技術(shù)及推廣研究” 獲國(guó)家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步二等獎(jiǎng)；
4．“中藥材同名異物品種的系統(tǒng)研究、貝母類、金銀花類、大黃類、石斛類品種研究”獲國(guó)家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步三等獎(jiǎng)；
5．“常用中成藥質(zhì)量檢測(cè)技術(shù)”獲國(guó)家醫(yī)藥管理局科學(xué)技術(shù)進(jìn)步一等獎(jiǎng)；
6．《中藥材粉末顯微鑒定》獲中華人民共和國(guó)新聞出版署頒發(fā)的全國(guó)優(yōu)秀圖書(shū)科學(xué)技術(shù)進(jìn)步一等獎(jiǎng)；
7．“銀杏葉提取物——總黃酮和總內(nèi)酯”獲國(guó)家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科學(xué)技術(shù)進(jìn)步一等獎(jiǎng)；
8．“生脈散復(fù)方化學(xué)成分動(dòng)態(tài)變化與藥效關(guān)系的研究”獲國(guó)家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥基礎(chǔ)研究一等獎(jiǎng)；著名古方生脈散的基礎(chǔ)研究獲中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會(huì)科學(xué)技術(shù)進(jìn)步一等獎(jiǎng)（省部級(jí))；
9．“校內(nèi)藥用植物實(shí)習(xí)基地建設(shè)與教學(xué)實(shí)踐”獲國(guó)家教育委員會(huì)國(guó)家級(jí)教學(xué)成果二等獎(jiǎng)。
10. 66種常用中藥材質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)及對(duì)照品的研究獲國(guó)家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)。
編著出版了《生藥學(xué)》、《方劑學(xué)》、《中藥制藥工程原理與設(shè)備》、《常用中藥材品種整理和研究》、《中藥顯微鑒定學(xué)》、《中國(guó)藥材學(xué)》、《中藥辭海》、《香港常用有毒中藥圖鑒》和中藥實(shí)驗(yàn)課系列教材等數(shù)十部著作，每年在國(guó)內(nèi)外刊物上發(fā)表論文數(shù)百篇。近年來(lái)，發(fā)表論文1079篇，被SCI收載281篇，專利申請(qǐng)42項(xiàng)（其中5項(xiàng)為國(guó)際專利)，獲得專利授權(quán)28項(xiàng)。醫(yī)學(xué)全.在線quanxiangyun.cn
學(xué)院十分重視產(chǎn)學(xué)研結(jié)合，先后與天津中藥集團(tuán)、恒瑞醫(yī)藥股份公司、連云港正大天晴制藥集團(tuán)、康緣制藥等數(shù)家大中型企業(yè)建立了良好的合作關(guān)系。研制的國(guó)家一類新藥—關(guān)附甲素已獲新藥證書(shū)并投入試生產(chǎn)，原料藥西紅花甙類、西紅花多甙片獲國(guó)家二類新藥證書(shū)，另外，尚有一批一、二、三類新藥正在研制中。每年以中藥新藥開(kāi)發(fā)為主的應(yīng)用研究項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)500萬(wàn)元左右。在新藥開(kāi)發(fā)研究中，學(xué)院各學(xué)科齊全配套，臨床前所有工作均可在院內(nèi)完成。學(xué)院現(xiàn)有國(guó)家新藥評(píng)審委員10名，涵蓋中藥新藥審評(píng)的所有學(xué)科。
