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抗日戰(zhàn)爭初期,日本侵略軍攻占華北,上海、南京等地相繼失守,淪陷區(qū)學(xué)生紛紛失學(xué),流離失所。其中,相當(dāng)一部分流亡至戰(zhàn)略后方西南地區(qū),當(dāng)時,教育部一方面為給流亡醫(yī)學(xué)生提供繼續(xù)就學(xué)機(jī)會,另一方面為奠定西南地區(qū)醫(yī)學(xué)教育基礎(chǔ),決定在貴州省貴陽市建立國立貴陽醫(yī)學(xué)院。
1937年12月31日，教育部聘李宗恩(原北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院教授、我國早期熱帶病學(xué)專家和醫(yī)學(xué)教育家)、朱章賡(原任教育部醫(yī)學(xué)教育委員會常務(wù)委員兼秘書、公共衛(wèi)生學(xué)專家)、楊崇瑞(北平第一助產(chǎn)學(xué)校校長、協(xié)和醫(yī)學(xué)院婦產(chǎn)科專家)等教授為國立貴陽醫(yī)學(xué)院籌備委員,并任命李宗恩為籌備委員會主任委員。1938年1月1日籌委會在漢口建立,教育部加聘張志韓(原任貴州省教育廳廳長)和杭立武(在教育部任職)二人為籌備委員。在漢口實(shí)際負(fù)責(zé)籌建工作的還有原武漢大學(xué)生物化學(xué)教授湯佩松等,到貴陽后還得到原貴州省省立醫(yī)院院長朱懋根的大力協(xié)助。
當(dāng)時,教育部令籌委會移用國立武昌醫(yī)學(xué)院籌備費(fèi)十六萬元(舊幣),作為國立貴陽醫(yī)學(xué)院籌備費(fèi)，又令籌委會接收北平第一助產(chǎn)學(xué)校武昌辦事處�；I委會于1月中旬至2月上旬.分別在漢口、重慶、西安、長沙、貴陽五處設(shè)招生處,招收流亡的醫(yī)學(xué)生及護(hù)士助產(chǎn)學(xué)生, 登記者共約三百人,除貴陽地區(qū)外,均由招生處負(fù)責(zé)輸送學(xué)生入黔。 漢口招收的學(xué)生,由湯佩松和齊登科等教授帶領(lǐng),從武漢出發(fā),經(jīng)重慶轉(zhuǎn)抵貴陽。1938年3月1日國立貴陽醫(yī)學(xué)院宣告成立,教育部正式聘任李宗恩博士為院長。直至1947年7月,李宗恩院長調(diào)任北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院院長,教育部另任朱懋根教授為我院院長。此時的貴陽醫(yī)學(xué)院為全國僅有的九所國立醫(yī)學(xué)院校之一。
新中國成立后，于1950年12月24日根據(jù)國家統(tǒng)一規(guī)定更名為“貴陽醫(yī)學(xué)院”，劃歸貴州省人民政府管理。
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