《中國微生態(tài)學雜志》主要刊登有關國內外人體微生態(tài)學、動植物微生態(tài)學及分子水平的微生態(tài)學等各領域的基礎研究、應用研究、發(fā)展動態(tài)、成果和技術方法，包括生態(tài)制品（人用、獸用、水產、環(huán)境等)的研究、正常微生物群與微環(huán)境的平衡關系以及微生態(tài)失調造成疾病的防治研究、實驗室技術等，以及促進微生態(tài)學與生命科學各學科相關領域的學術交流。
《中國微生態(tài)學雜志》主要欄目
開辟的欄目有：述評、
論著、臨床研究、動植物微生態(tài)學、綜述、講座、技術方法、論著摘要（短篇報道)、國內外動態(tài)、產品信息及廣告等。
《中國微生態(tài)學雜志》收錄情況
中國科學引文數(shù)據(jù)庫（CSCD核心庫)，中國科技核心期刊數(shù)據(jù)庫，中國學術期刊數(shù)據(jù)庫，被中國學術期刊網，俄羅斯《文摘雜志》（AJ of VINITI)，美國《化學文摘》（CA)，美國《劍橋科學文摘：自然科學》（CSA：NS)，英國《國際農業(yè)與生物科學研究中心》（CABI)，英國《公共健康》（Global Health)，波蘭《哥白尼索引》（IC)收錄。
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