MHC最初是在研究排斥反應的過程中發(fā)現(xiàn)的。MHC分子作為代表個體特異性的主要組織抗原，在排斥反應中起重要作用。自從60年代發(fā)現(xiàn)了Ir基因，70年代發(fā)現(xiàn)了細胞毒性T細胞與靶細胞間相互作用的MHC限制性后，對MHC的生物學作用有了更深入的認識。MHC的主要功能包括：
一、參與對抗原處理
MHC分子在多個環(huán)節(jié)參與對抗原處理。外源性抗原在APC內(nèi)被降解成免疫原性多肽，并與MHC-Ⅱ類分子結(jié)合成穩(wěn)定的復合物，從而保證了多肽不被進一步降解為氨基酸。80年代末還發(fā)現(xiàn)，內(nèi)源性抗原在靶細胞中須與胞漿中的一種蛋白酶體（proteasome)結(jié)合才能進一步分解為免疫原性多肽片段，后者再在一種肽鏈轉(zhuǎn)運蛋白的參與下被轉(zhuǎn)運到內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔與新合成的MHC-Ⅰ分子結(jié)合。已證明蛋白酶體相關(guān)基因及肽鏈轉(zhuǎn)運基因均位于MHC-Ⅱ類基因區(qū)內(nèi)。
二、約束免疫細胞間相互作用
70年代中期Zinkernagel等發(fā)現(xiàn)，細胞毒性T細胞只殺傷具有同一MHC表型的病毒感染的靶細胞。這意味著T細胞識別細胞表面抗原決定簇的同時，還須識別細胞上的MHC分子。以后證實，不僅TC靶細胞間，而且Mφ-TH，TH-B以及TH-TC間的相互作用也受MHC約束。這一現(xiàn)象，即具有同一MHC表型的免疫細胞才能有效地相互作用，稱為MHC限制性（MHC restriction)。
巨噬細胞（Mφ)與TH細胞間的相互作用受MHC-Ⅱ類抗原的約束。TH的TCR聯(lián)合識別免疫原性多肽片段的表位（ epitope)以及MHC-Ⅱ分子α1、β1功能區(qū)的多態(tài)性決定簇。同時，TH細胞表面的CD4分子識別MHC-Ⅱ類分子α2、β2功能區(qū)的非多肽性決定簇，由此啟動免疫應答。因此，只有MHC-Ⅱ類分子陽性細胞才具有抗原呈遞能力，且細胞表面Ⅱ類分子密度與其抗原呈遞能力呈正相關(guān)。
TC與病毒感染的靶細胞相互作用受MHC-Ⅰ類抗原的約束。TC的TCR聯(lián)合識別靶細胞表面的病毒抗原以及MHC-Ⅰ類分子α2和β2功能區(qū)的多態(tài)性決定簇。同時，TC表面的CD8分子識別Ⅰ類分子α3區(qū)的非多態(tài)性決定簇。醫(yī)學全在.線quanxiangyun.cn
三、參與對免疫應答的遺傳控制
機體對某種抗原物質(zhì)是否產(chǎn)生應答以及應答的強弱是受遺傳控制的。控制免疫應答的基因稱為Ir基因。小鼠Ir基因位于H-2Ⅰ區(qū)內(nèi)。人的Ir基因定位目前尚無直接證據(jù)，但一般認為也位于HLA-Ⅱ類等位基因的個體，其對特定抗原的免疫應答能力各異。
四、誘導自身或同種淋巴細胞反應
MHC分子可作為自身或同種反應的刺激分子從而誘導免疫應答或參與免疫調(diào)節(jié)。
1．參與免疫調(diào)節(jié) 非T細胞（Mφ、B細胞等)在體外能誘導自身T細胞發(fā)生增殖反應，此即自身混合淋巴細胞反應（autologous mixed Iymphocyte reaction,AMLR)。在AMLR中非T細胞表面的刺激決定簇是HLA-DQ（小鼠H-2I-A)分子。自身反應性T細胞增殖后可表達HLA-DR（小鼠H-A I-E)抗原，后者又作為刺激分子激活某些T細胞，此T-T AMLR。AMLR代表體內(nèi)免疫細胞間的一種調(diào)節(jié)機制，有助于維持免疫自穩(wěn)，故MHC-Ⅱ類分子通過誘發(fā)AMLR而參與免疫調(diào)節(jié)。
2．誘導免疫反應 MHC分子是一種同種異型抗原，可誘導同種反應的發(fā)生，典型的例子是體外的同種異型混合淋巴細胞反應和體內(nèi)同種移植排斥反應。在這兩種情況下，反應性T細胞對非已MHC抗原的識別不受自身MHC限制。
五、參與T細胞分化過程
早期T細胞在胸腺中發(fā)育為成熟T細胞的過程中，伴隨著一系列表面標志的變化。MHC分子對T細胞的分化發(fā)育起著重要作用，早期T細胞必須與表達MHC-Ⅰ或Ⅱ類抗原的胸腺上皮細胞接觸才能分別分化成CD8+或CD4+T細胞。
